使用しなくなったワークフローの削除はできますか？

可能でございます。

［承認］［却下］［キャンセル］のステータスになっているものは、ワークフローを［非公開］にすると削除可能です。
※［下書き］［未承認］のワークフローが残っている場合は削除できません
※［公開］しているワークフローは削除できません

削除方法は以下をご参照ください。

ワークフロー ＞ 従業員情報 or 施策情報 にて操作します

1.削除したいワークフローにチェック後に、[削除] をクリックし、「削除してよろしいですか？」というメッセージがでたら、[YES]をクリックします。

2.「削除が完了しました」というメッセージが出たら、完了です。

※削除済みのワークフローの申請・承認履歴は管理者、ユーザー画面の申請・承認一覧から削除されます。削除されたワークフローは削除済み一覧で確認可能です。
【参考】削除されたワークフローの申請・承認はどこかで確認できますか？